Min løsning på endingproblematikken om ikke alt bare var indoktrinering ville vært å legge til litt scener på hver slutt. Som sagt er de ikke gale. Ødelegg, ta kontroll over eller bli en del av maskinene er ytterst passende valg å avslutte serien med. Forøvrig mer eller mindre akkurat de samme tre valga man har på slutten av Deus Ex 1. Forskjellen der var at man fikk fortalt konkret hva reprisaliene for valget var.
Man kan enten legge til diverse scener som viser gethene knele og Omega eksplodere og andre ting som skjedde uti universet. Det andre valget vil være å utvide scena med Normandy. Siden hele crewet rakk å komme seg ombord er det tydlig at de stakk lenge før Shepp dreiv å krangla med Illusive Man osv. Etter at de har sett på solnedgangen kan de rett å slett ta seg en prat om hva som vil skje med de forskjellige rasene i forhold til valget.
Alternativt kan de slippe en DLC hvor man skal utforske den skauen (de har allerede annimasjon og kontroll for Joker

) og finne ut hvor pult man er. Teknisk sett er Normandy ekstremt pult siden det A. ikke er mulig å kommunisere uten Mass Relays (de sprenges uansett ending) og B. Det er ingen som kommer å redder dem siden ingen vil nå fram i tide med bare faster than light travel. De kan muligens redde det dog siden Normandy alltids har magiske kommunikasjonsevner (quantum entanglement) og det bare tilfeldigvis finnes en bebodd planet i nærheten.
Men men.